Kistin bulunduğu bölgeye erişim için diş eti uygun şekilde açılır ve gerekli görüldüğü kadar kemik dokusu kaldırılarak bölgeye ulaşılır.
Kist dokusu temizlendikten sonra işlem bölgesi dikişle kapatılır ve kalan sağlıklı kemik dokusunun iyileşmesi için süreç takip edilir. Eğer kist daha önce enfekte olmamışsa, bazı durumlarda iyileşme sürecini desteklemek amacıyla kemik tozu uygulanabilir.